Slimnīca pastāv vairāk kā 55 gadus. Slimnīca tika dibināta ar mērķi sniegt palīdzību personām ar īpašām vajadzībām. Pacientu skaits darbības sakumā bija 100. Pakāpeniski pacientu skaits samazinājās līdz 80. No 2004. gada 1. jūlija VSIA Bērnu psihoneiroloģiskā slimnīca „Ainaži” tika pievienota Psihiatrijas stacionāra bērnu nodaļa „Vīķi” ar 65 gultu vietām bērniem ar īpašām vajadzībām. Apvienošanas rezultāta tika izveidots vienīgais specializētais stacionārs valstī, kuš sniedz kvalificētu un profesionālu psihiatrisko palīdzību bērniem un pusaudžiem ar ieilgušiem psihiskiem traucējumiem ar kopējo gultu vietu skaitu 145.

Slimnīcas 3 nodaļās ārstējas 140 pacienti vecumā no 4 līdz 20 gadiem ar diagnozēm: šizofrēnija, epilepsija un garīgā atpalicība. Slimnīcā ārstējas bērni ar psihiskās veselības stāvokli, kas ir kļuvis bīstams pašiem un apkārtējiem. Diagnožu specifika nosaka arī vidējo ārstēšanas ilgumu, kas ir no 1 līdz 5 gadiem, atsevišķos gadījumos arī ilgāk.

No 2009. gada 1. novembra ir tikai 1. un 2. nodaļa Ainažos. 3. nodaļa tika slēgta, jo tika optimizēta pacientu plūsma, pakāpeniski attīstīta pacientu ārstēšanas metodes, izveidots rehabilitācijas kabinets.

No 2010. gada 2. februāra slimnīca atrodas pilnīgi jaunā ēkā Valdemāra ielā 46, Ainažos. Infrastruktūras attīstības projekts tika realizēts par Valsts galvota aizdevuma līdzekļiem un ERAF finansējumu. Līdz ar to tika izveidots jauns stacionārs, hidroterapijas nodaļa, sekundārās ambulatorās aprūpes nodaļa. Pēdējā apkalpo gan pieaugušos, gan bērnus. Slimnīcā ir 80 gultu vietas un tiek ārstēti bērni un pusaudži ar sekojošām diagnozēm – epilepsija, epilepsija ar demenci, šizofrēnija, dažādas pakāpes garīgā atpalicība ar uzvedības traucējumiem, organiskiem personības un uzvedības traucējumiem.